酸奶发酵完成后，罐内壁会附着一层蛋白质和脂肪的残留物，需要彻底清洗。玻璃钢发酵罐的清洗比金属罐容易一些，因为它的表面更光滑。
清洗玻璃钢反应釜罐时，先用40度左右的温水冲洗，再用碱性清洗剂循环清洗，最后用清水冲净。新出厂的玻璃钢罐内壁需要进行钝化处理，用5%的柠檬酸溶液循环冲洗一小时，然后排空晾干。这个步骤可以去除罐内表面的游离树脂单体，使其更适合食品接触。
玻璃钢罐用于食品发酵的案例不算多，但对于中小型作坊来说是一个成本较低的选项。清洗消毒程序执行到位的情况下，连续生产十几个批次没有出现染菌问题。当然每次使用前要用试纸检测罐内残留清洗剂是否冲洗干净。
